Über 70 Einrichtungen in Nordrhein-Westfalen, Spanien und Griechenland gehören zum Ev. Johanneswerk. Davon sind mehr als 30 stationäre Einrichtungen der Altenhilfe, 460 Altenwohnungen. Es gibt Werkstätten für Behinderte, Heil- und Pflegeheime, ambulante Pflegedienste und Sozialarbeit, Kliniken für psychosomatische Erkrankungen und Suchterkrankungen, Seniorenresidenzen in Spanien und Griechenland, vielfältige Lebenshilfen für missbrauchte Kinder und Jugendliche, aber auch für Haftentlassene.

Diese Einrichtungen des Ev. Johanneswerks sind zusammengefasst in 16 Regionen in Nordrhein-Westfalen. Die drei Geschäftsbereiche "Soziale Arbeit und Gesundheit"; "Finanzen" und "Personal" übernehmen die zentrale Steuerung. Regionalgeschäftsführungen verantworten nach Zielabsprachen die Arbeit in der Region.